Le Conseil supérieur est compétent pour déposer une plainte auprès de la commission de discipline des trois Instituts (IRE / IEC / IPCF) (article 54 de la loi du 22 avril 1999 relative aux professions comptables et fiscales).
Cette commission est tenue d'informer le Conseil supérieur sur la suite réservée à la plainte.
Depuis août 2007, un organe, autonome par rapport à l’Institut des Réviseurs d'Entreprises a été créé par le législateur afin de recueillir les plaintes relatives à des réviseurs d'entreprises.
Depuis la loi du 7 décembre 2016, le Collège de supervision des réviseurs d’entreprises est chargé de l’examen des plaintes relatives à des réviseurs d’entreprises. Après examen, cette instance décide de renvoyer (ou non) le réviseur d’entreprises devant une instance indépendante, la Commission des sanctions de la FSMA.